Na década de 80, pesquisadores do Laboratório de Limnologia do Instituto de Biologia da UFRJ começaram atividades científicas nas lagoas costeiras de Macaé. Este trabalho culminou na institucionalização do Núcleo de Pesquisas em Ecologia e Desenvolvimento Sócio-Ambiental (2005). Propiciou-se, com isto, a criação do curso de Licenciatura em Ciências Biológicas, o primeiro curso de graduação da UFRJ fora da sede no Rio de Janeiro (2006). Neste processo, o Instituto de Química, a Faculdade de Farmácia, a Escola de Enfermagem Anna Nery, a Faculdade de Medicina, o Instituto de Nutrição e a Politécnica de Engenharia motivaram-se a criar cursos de graduação em Macaé, consolidando o Polo Universitário da UFRJ-Macaé. Em 2008, o Conselho Universitário aprovou a institucionalização do Campus UFRJ-Macaé com suas Normas e, em novembro, teve-se a primeira consulta à comunidade acadêmica para a escolha da Direção do Campus.

No dia 08 de julho de 2021, o Conselho Universitário aprovou em sessão remota, por unanimidade, a criação do Centro Multidisciplinar UFRJ-Macaé, um grande avanço para o desenvolvimento das atividades da universidade na região.

A história da formação do Centro em Macaé deve-se ao pioneirismo de profissionais ligados a educação que ousaram em interiorizar a UFRJ, constituindo uma estrutura integrada e não departamental, e a parceria da UFRJ junto à Prefeitura de Macaé. Dessa forma, estabelece-se no norte fluminense o tripé Ensino-Pesquisa-Extensão, principal compromisso desta Universidade com a sociedade brasileira, favorecendo uma formação universitária de qualidade, respeitosa com as mais variadas formas de saber e comprometida com a cidadania.